Die Orgel der Franziskuskirche ist wie alle Orgeln von Sankt Petrus ein Werk der Firma Klais aus Bonn und wurde am 25.12.1966 ihrer Bestimmung übergeben.

Die Orgel hat auf zwei Manuale und Pedal verteilt 17 klingende Register bei mechanischen Trakturen. Die Disposition stammt von Prof. Joseph Zimmermann, ehem. Domorganist am Hohen Dom zu Köln, Hans-Gerd Klais und dem damaligen Kirchenmusiker an Sankt Franziskus, Otto Höhner.

Das Besondere dieser Orgel ist sicher die ungewöhnliche Prospektgestaltung, die sich aber dem Kirchenraum und speziell dem Deckengewölbe optimal anpasst. Ein besonderer Blickfang sind  die horizontal in den Kirchenraum hineinragenden Pfeifen des Registers “Fagott 16’”.

Die Orgel besitzt einen vierfachen mechanischen Setzer. Nach der Kirchenrenovierung 2000 wurde sie gereinigt und teilweise neu intoniert.

Die Disposition lautet:

Pedal (C-f')
Subbass 16
Offenbass 8
Holzoctave 4
Fagott 16

Hauptwerk - Manual I (C-g''')
Principal 8
Holzgedackt 8
Octavflöte 4
Gemshorn 2
Mixtur 4 fach
Trompete 8

Schwellwerk - Manual II (C-g''')
Rohrflöte 8
Blockflöte 4
Principal 2
Quinte 1 1/3
Sesquialter 1-2 fach
Scharff 3 fach
Dulcian 16

Spielhilfen
Koppel I an Ped, Koppel II an Ped, Koppel II an I, Tremulant SW