Die Chororgel vorne im rechten Seitenschiff der Marienkirche ist das Opus 87 der Firma Johannes Klais Orgelbau und wurde 1896 für die Kapelle des Schlosses Liebig in Kobern-Gondorf erbaut.

Spätestens seit den 50er Jahren des 20. Jahrhunderts wurde das Instrument jedoch praktisch nicht mehr verwendet und staubte immer weiter ein. Da die Orgel wegen der Umnutzung der Kapelle an ihrem ursprünglichen Standort nicht mehr erwünscht war, kaufte die Firma Klais das Instrument vor einigen Jahren zurück und rettete es damit wahrscheinlich vor dem weiteren Verfall bzw. vor einem Ende auf einer Müllhalde. Seit dem wartete die Orgel im Montagesaal der Firma Klais auf eine neue Bestimmung.

Seit dem Frühjahr 2010 ist die inzwischen restaurierte Orgel als Dauerleihgabe der Firma Klais in Sankt Marien aufgebaut; die Orgelweihe hat am Weißen Sonntag, den 11. April 2010, stattgefunden. Die Marienkirche verfügt nun über zwei historische Orgeln (Chororgel Sommer 1896 und Hauptorgel März 1897) der Firma Klais, eine sehr seltene, glückliche Fügung. Die nahe Verwandschaft der beiden Orgeln lässt sich besonders an der Gestaltung der achteckigen Rundtürme erkennen, die von Klais nur kurze Zeit gebaut wurden; unsere beiden Orgeln sind die einzigen mit dieser Art von Türmen, die die Zeiten bis heute überdauert haben.

Die pneumatische Orgel (Kegellade) besitzt auf ein Manual und Pedal verteilt fünf Register und ist in ihrem Originalzustand erhalten geblieben, dazu zählen seltenerweise auch die Prospektpfeifen, die - bis auf deutschlandweit wenige Ausnahmen - anderorts (auch in der Hauptorgel von Sankt Marien) zu Rüstungszwecken den beiden Weltkriegen zum Opfer fielen. Neben einer später hinzugefügten elektrischen Gebläsemaschine besitzt die Orgel noch die originale Windzufuhr und den Schöpferbalg, kann also "per Tritt" mit Wind versorgt.