Die Kirche wurde in den 50er Jahren erbaut, als die Mariengemeinde mit über 18.000 Seelen aus Nähten platzte und in drei Seelsorgebezirke, später eigenständige Pfarren aufgeteilt wurde. Das Pfarrzentrum besteht aus der Pfarrkirche, dem Pfarrhaus mit angebauter Sakristrei, einem freistehenden Glockenturm (leider ohne Glocke), Pfarrheim und Kindergarten.

Aufgrund sinkender Kirchenbesucherzahlen und schwindender Gemeindemitglieder wurde die Gemeinde Sankt Franziskus Anfang der 90er Jahre wieder mit der Mariengemeinde vereinigt und ist seitdem Filialkirche und wird für Werktagsgottesdienste genutzt. Kirche, Pfarrheim und Kindergarten werden derzeit als Jugendpastorales Zentrum für die Stadt Bonn genutzt, die Kirche trägt den Titel Jugendkirche.

Im Jahre 2000 wurde die Kirche im Communio-Stil neu geordnet. Seitdem gehört das Gotteshaus sicher zu den interessantesten Kirchen in der Bonner Umgebung.